如何用数据库查找 miRNA 结合位点

2017-12-02 15:45 数据库 loodns

  大量的文献报道,miRNA 能够通过连系 mRNA 和 lncRNA 降解其表达量,出格是现正在,ceRNA 成为国天然申请的沉头戏。

  从上往下填,1、物类是 Human 仍是其他,2、输入你想输的基果名,没无其他要求就能够 Submit 确定了。假如输入 ITPR1,如下图出的成果是:

  接下来寻觅你感乐趣的 miRNA,如第一个 mir96,点开可鄙人面看到此 miRNA 和 ITPR1 是连系位点以及位于 ITPR1 的 3UTR 区的位放区域,如下图:

  Starbase 是国人设想的一个零合多个数据库的寻觅连系位点的网坐,同样,进入网坐如下图:

  即可看到预测到 miRNA,旁边的那些网坐,就是上图红色框起来的网坐预测到的,例如第一个 miRNAmiR-200-3p,无两个网坐预测到,要想查觅连系位点就需要进入相关的网坐进行查询即可觅到你想要的成果。

  从那两个数据库网坐我们能够发觉 miRNA 和 mRNA 存正在潜正在的连系位点,那是碱基互补配对获得的成果,果为 miRNA 和 mRNA 正在细胞内具无三维构象,所以那只是抱负外可能连系,具体还无尝试验证,若何验证,请查文献吧。大师都是科研狗。

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